一，分裂时代的吐蕃各部
842年，吐蕃赞普朗达玛被杀，于是其子云丹（占据拉萨）与俄松（占据雅隆）争夺王位，发生了大规模的“伍约之战”。而后西藏爆发了大规模的起义，这些起义虽然被镇压，但是吐蕃已经大乱，地方割据政权趁机兴起。此后，吐蕃形成了拉萨王系、阿里王系、亚泽王系和雅隆觉阿王系，共四大王系。四大王系内部又不断分化，出现了大大小小的割据政权。如阿里王系又分出了拉达克王国、普兰和古格王国。
吐蕃各部
吐蕃东部地区（青海），则更加混乱，这里“族种分散，大者数千家，小者百十家，无复统一”。到了北宋初期，这里的吐蕃军阀郢成蔺逋叱（汉文史料称为李立遵）将流亡到吐鲁番的赞普后代唃厮啰迎接到了青海，以此来号令青海吐蕃各部。此后，唃厮啰逐渐夺取了东吐蕃的实权，一度建立较为强盛的东吐蕃联盟。在北宋末期，唃厮啰和宋朝形成了对付西夏的联盟，宋朝一度在此设立陇右都护府。
这些王国在两宋时期，都逐渐形成了政教合一的政权。原本在吐蕃后期，出现了大规模的“灭佛”事件，使得吐蕃地区的僧人大量流亡在外。吐蕃分裂后，流亡在外的僧人带着大量的佛经重回吐蕃，佛教又重新开始在吐蕃兴起。此后，这些佛教僧人和当地的各大割据势力联合起来，成了当地寺庙之主和宗教领袖，形成卢梅、巴、热、章四大部，这四部逐渐坐大，开始互相征战攻伐，藏传佛教逐渐分裂为噶举派、萨迦派、香巴噶举和达波噶举派等。
二，蒙元统一吐蕃：正式纳入中国版图
1206年，蒙古汗国建立，开始走向了统一东亚大陆的进程。此时的吐蕃地区被分为乌思藏（西藏）、康巴（西康）和安多（青海）三部分，乌思藏又分为前藏、后藏和阿里三部分，前藏是拉萨和山南地区，后藏是日喀则地区，阿里在藏北高原上。1240年，阔端部下道尔达率军远征吐蕃（蒙古人将之称为乌思藏），这只军队深入了吐蕃境内，最远到达了尼泊尔。在蒙古军队的威慑之下，吐蕃各部不得不臣服于蒙古。此后，窝端邀请后藏势力最大的萨迦派寺主萨迦·班智达来凉州会盟，标志着吐蕃地区正式纳入了蒙古国的版图。
从此，萨迦派成为蒙古在西藏的代理人。窝端派遣使者到达乌斯藏地区“调查各地官员姓名、部众数字、贡物之量”。1251年，蒙哥继位，命令和里解继续深入吐蕃地区，最终使得阿里地区的拉堆王归顺了蒙古。蒙哥汗又派遣人到吐蕃清查户口、划定地界、确立税收。蒙哥根据乌思藏地区的割据情况，划分为了十三个万户。
元朝建立后，忽必烈设置总制院（后来改为宣政院）来直辖乌思藏，宣政院的领袖名义上是萨迦派首领帝师统领，实权掌握在院使手中。宣政院下又设立朵甘思（西康）、 朵思麻（在青海，又称为吐蕃宜慰司）和乌思藏三个宣慰司。
忽必烈和八思巴
元朝在乌思藏地区统治萨迦派作为一个重要的中介，在元朝的扶持下，萨迦政权开始建立起来，成为了乌思藏地区的名义领袖。1322年萨迦款氏家族发生了分裂，而朗氏家族的帕竹万户开始兴起。帕竹不断兼并前藏地区，最终到1357年取代了萨迦政权的统治，建立了帕竹政权。帕竹政权对乌思藏地区的控制已经远远不如萨迦政权时期，在元朝末期，阿里地区的普兰、古格和达拉克已经脱了乌思藏地区和元朝的控制，走上了独立的道路。
古格王国遗址
三，从明朝的分裂到清朝的统一
元朝灭亡后，吐蕃地区蒙古势力也逐渐退出了。此后吐蕃地区再次陷入了四分五裂的局面。在乌思藏，原本被元朝扶持的萨迦政权还有一定的威望，但是也开始逐渐走向了衰落。朱元璋建立明朝后，不断派遣使者到乌思藏地区招抚。此后朱元璋对吐蕃地区进行了一些册封，册封的形式有两种，一是册封吐蕃地区的高僧为法王、国师等，形成了僧官；二是册封地方政权，承认其统治。僧官方面，朱元璋册封八思巴的继承法王帝师喃加巴瘢卜为“炽盛佛宝国师”，承认元朝对帕木竹巴僧章阳沙加监藏“灌顶国师”的册封。永乐时期，又封授了大宝法王、大乘法王、大慈法王、阐化王、辅教王、赞善王、护教王和闻教王，共八个高级法王。
明朝时期的青藏高原
在政权组织方面，朱元璋在西藏册封了乌思藏都司、朵甘都司、俄力思军民元帅府、河州卫等。但是明朝对吐蕃地区的地方政权存在几乎不了解，因此册封高僧为这些机构的指挥同知、金事、宣慰使同知、副使、元帅、招讨、万户等官。这就形成了所谓的“僧官”。青海方面，明朝称为“西番”，明朝初期，元朝册封在青海的吐蕃宣慰使何锁南普等归顺明朝， 于是在青海东部设置河州、 洮州、 西宁、岷州四卫，其长官均册封给当地的藏族和蒙古族担任。明朝在乌思藏册封僧官导致的结果就是使得吐蕃地区世俗政权，如古格、帕竹、达拉克就明朝几乎没有政治交流，明朝对乌思藏的册封就成为了空中楼阁。明朝从未派遣一兵一卒、一官一职驻扎乌思藏，使得明朝对吐蕃的控制基本没有。明朝对西番诸卫具有一定的控制力，但是依然另外十分薄弱，甚至会出现西番贵族截杀明朝使者的现象。
布达拉宫
由于没有外界强大势力的干涉，吐蕃的内部的政权也在发生自发的更替。1510年，帕竹王朝的第10执政者阿旺札西札巴即位，由于他年幼不能执政，其实权掌握在仁蚌巴·错结多吉喜手中。此后，仁蚌巴王朝就取代了帕竹王朝，成为了乌思藏地区的统治者。到了16世纪中叶，辛厦巴推翻了仁蚌巴，建立了藏巴汗王朝。 在阿里方面，古格王国和拉达克王国各自经历长期的繁荣后，开始出现了战争。1633年，拉达克王国吞并了古格王国。在青海，在明朝中期，卫拉特蒙古之一的和硕特部进入了青海，建立了和硕特汗国。1642年，和硕特汗国灭乌思藏的藏巴汗王朝，统一了青藏高原，宣布吐蕃政权的最终结束。
1700年，康熙出兵攻打康定地区，将康区划入了四川省。1717年，准噶尔汗国派遣军队进入了青藏高原，灭和硕特汗国。随后，清朝康熙皇帝命令清朝军队进入卫藏驱逐了准噶尔的军队，从而控制了整个青藏高原。1723年，和硕特部顾实汗之孙罗卜藏丹津在青海叛乱，被清军平定。1724年，雍正在青海设置西宁办事大臣。1728年，雍正又设置驻藏大臣。拉达克王国在明清之际卷入了和不丹、藏巴汗的战争，消耗了国力。当清朝进入西藏后，达拉克宣布臣服于清朝，其地纳入《大清一统志》。
