产生于明中期的营兵制对卫所也有很大的瓦解作用。

       以督抚总兵为首的战时军事体制的创立，是明代军事制度的重大调整。 这些军事官员所领之兵的组织形式，也完全有别于卫所，这就是营兵。营兵是由从募兵和卫所兵种选出来的精壮之士组成，因而有很高的作战能力。但它抽走了卫所兵的精英，对卫所而言，是不利的。

       总督、巡抚所统之兵称标兵，往往有一营或数营。总兵及副参游守所统之兵，均独立为营。营伍设置及人数均没有统一的规定，其人数一般是随领兵官职位的高低而变化的。嘉靖时的宣府镇，正兵营，由总兵官统领，官军5000人；奇兵营，副总兵统领，兵3000；旧游击营，由左游击将军领兵3000；新游击营，右游击将军领兵3000；总督军门标下游兵3000；巡抚标下800人；五路参将营兵各3000人；极冲要处守备19处，各领300人；次冲要处守备9处，各统200人。

       营兵的来源，一是募兵，一是卫所军。明中期以后的募兵除少数部分由卫所带管外，主要部分均充任营兵，可以说营兵是以募兵为主。卫所军转为兵，有两种途径，一是私投为兵。募兵待遇优厚，卫所兵纷纷投充为募兵，辽东经略熊廷弼指出： 旧军以粮薄纷纷弃伍投充新兵，旧营伍无一处不乱。

       第二种途径，也是最主要的途径，是抽调卫所军到营而转为营兵。嘉靖时，已有 抽边军丁补兵之议 ，理由是： 时当事者以军与民壮并无在食粮之额，用以充抵民兵，则兵数不亏，饷数自减。盖于总参新法中仍参用军武，存卫所初建议，兵制有变而得其善者，此制也。

       由于卫所军经常被抽选为兵，从而出现了一个新概念—— 军兵.嘉靖末，嘉兴府郡城五营民兵及守台乡兵，以次裁革，止存募兵三营及 抽选海宁卫所军兵二营 ，每营设队什长，俱属兵备及参将统调。这种军兵，多出现于嘉靖倭患平息之后，以募兵费饷，故汰兵选军， 于原在食粮之额，加至一石，但仍比募兵省费用。

       由卫所调出之军，在营则为兵，统辖、使用、饷给等均不同于卫所军。 但若回卫，则仍为卫所军。我们从下面班军的情况，即可清楚地看出其双重身份。嘉靖三十三年，总督京营戎政平江伯陈青，同兵部尚书聂豹争班军职掌，相持不下，明世宗命科道官议之，于是议定： 自今班军上班，由都司送部，由部到营，该营不得而先。盖军未上班，是为外卫，外卫固属之本兵（兵部），使营中先收，孰从而知其多寡虚实之数？班军下班，由参将送总督，总督咨兵部，该司不得先。盖班军未下班，是为营兵，营兵悉隶于戎政，使该司先收，孰从而知其到否？是以属营为兵，属卫为军。

       营兵渐渐代替了卫所军，兵主战，君主守或屯， 兵御敌而军坐守，兵重军轻，军借卫于兵，壮军乃复充兵。“自嘉靖始，募兵在明军中的比例日益提高，由募兵和卫所军士中抽选的精壮组成的营兵成为战争的主要承担者，卫所军退居次要地位，主要承担一般性的防守任务，在很大程度上相当于营兵的预备役队伍。”《明书》指出： 厥后卫所军第征屯租，而操练全废，军归农，不习兵。但营兵仍为因战事而设的军事组织，流动性很大，随战事调发，没有固定的驻地，事毕裁革，募兵归乡务农，卫所军还卫。营兵制并没有彻底取代卫所，卫所制一直存在到明朝灭亡，清初改卫所军为屯丁，卫所制作为一个军事组织才彻底消失。 总之，明代卫所制度是处于一个慢慢分化瓦解的状态。卫所制本身所具有的很多特点，比如军籍制、清勾、世袭等，在明初战事吃紧时并没有表现出太多的弊端。可随着历史的发展，卫所制的弊端暴露无遗，卫所军士益发颓废，再遇战事就只能依靠募兵作战了。而募兵制和营兵制的存在，一方面不断地渗透和威胁着卫所制，另一方面，很多卫所兵尤其是精壮的卫所兵加入到募兵营兵行列，减少了卫所兵的数量，消弱了卫所兵的质量。而此时的军户屯田私有化的转变，又使卫所失去了赖以存在的经济基础。因而，就军事上而言，卫所制走向衰落也是一种必然。